Das Projekt besteht aus 5 Unterprojekten: Vier dieser Unterprojekte (CT 1, CT 2, JCT und CTO) sind verschiedene Ausprägungen der CrypTool E-Learning-Software für unterschiedliche Zwecke und Umgebungen.
- CrypTool 1 (CT1) war die erste Version von CrypTool. Sie kam im Jahr 1998 heraus. Mit CT1 kann man mit einer großen Zahl unterschiedlicher kryptographischer Algorithmen experimentieren. CT1 hat zwei Nachfolger.
- CrypTool 2 (CT2) erlaubt das visuelle Programmieren und das Ausführen von Kaskaden kryptographischer Prozeduren.
- Das plattformunabhängige JCrypTool (JCT) bietet die Möglichkeit, Kryptographie und Kryptoanalyse auf unterschiedlichen Betriebssystemen auszuprobieren.
- CrypTool-Online (CTO) kam im Frühling 2009 heraus. Dieses Werkzeug gibt einem die Möglichkeit, verschiedene kryptographische Algorithmen im Browser oder auf dem Smartphone auszuprobieren.
- Ein separates Unter-Projekt (MTC3) ist ein internationaler Wettbewerb mit kryptographischen Rätseln unterschiedlicher Schwierigkeitsgrade.
Alle Lernprogramme im CT-Projekt sind Open-Source und kostenlos.
Freiwillige und insbesondere Programmierer sowie Studenten, die ihre Master- oder Diplomarbeit im Kryptographiebereich schreiben möchten, sind im CrypTool-Team herzlich willkommen, um bei der Weiterentwicklung des Projekts mitzuwirken.

